台湾、朝鮮、南洋諸島などの統治領には神社が建てられた。これはもともとは統治領に在留する日本人が自分たちのために建てたものであった。
統治領下の神社建立にあたり、多くの神道家らは現地の神々をまつるべきだと主張したが、政府は同意せず、欧米列強の植民地へのキリスト教伝道、土着信仰の残滓の払拭といった発想と同様に多く明治天皇、天照大神を祭神とした。これは明治政府が宗教勢力を完全に国家の従属化に置き、宗教勢力の意向を政策立案過程から排除することに成功した先進国の中でも稀有な世俗政権だったことも示しているが同時にこれら時期を逆説的に「神道の暗黒時代」とする意見の根拠ともなっている。
外地に建立されたおもな神社としては朝鮮神宮、台湾神社、南洋神社、関東神宮、樺太神社（樺太は後に1943年内地編入）などが挙げられる。台湾については台湾の神社を参照。
明治初期において、神霊の憑依やそれによって託宣を得る行為、性神信仰などが低俗なものや迷信として否定され、多くの民俗行事が禁止された。そのため、出雲神道系などの信仰が偏狭な解釈により大きく後退した。また、神社の祭神も、その土地で古来からまつられていた神々ではなく、『古事記』、『日本書紀』などの皇統譜につながる神々に変更されたものが多い。そのため、地域での伝承が途絶えた場合にはその神社の古来の祭神が不明になってしまっている場合がある。
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古来より天皇の神格性は多岐に渡って主張されるところであったが、明治維新以前の尊皇攘夷・倒幕運動と相まって、古事記・日本書紀等の記述を根拠とする天皇の神格性は、現人神（あらひとがみ）として言説化された。また、福羽美静ら津和野派国学者が構想していた祭政一致の具現化の過程では、天皇が「神道を司る一種の教主的な存在」としても位置づけられた。幕府と朝廷の両立体制は近代国家としての日本を創成していくには不都合であったが故の倒幕運動であり、天皇を中心とする強力な君主国家を築いていきたい明治新政府の意向とも一致したため、万世一系の天皇を祭政の両面でこれの頂点とする思想が形成されていった。
具体的な国民教導に失敗した宣教使が廃止された後、神仏儒合同でおこなわれた教部省による国民教導では「三条ノ教則」が設定された。その内容は、「敬神愛国の旨を体すべきこと」、「天地人道を明らかにすべきこと」、「皇上を奉戴し朝旨（ちょうし）を遵守（じゅんしゅ）せしむべきこと」であった。